Родился в семье историка Ариадны Павловны Бажовой (род. 1925) и журналиста, писателя, военного корреспондента газеты «Правда», контр-адмирала Тимура Аркадьевича Гайдара (1926−1999). Бабушка — Лия Лазаревна Соломянская (1907−1986), — писательница и сценарист, вторая жена А. П. Гайдара. Дед по отцу — писатель А. П. Гайдар, дед по материнской линии — писатель П. П. Бажов.
В 1962—1964 гг. жил с родителями на Кубе, где его отец работал собственным корреспондентом «Правды»; стал свидетелем Карибского кризиса 1962 г. В 1966—1971 гг. жил с родителями в Югославии, там заинтересовался экономической теорией, изучал английский и сербскохорватский языки. В 1973 г. окончил с золотой медалью школу и поступил на экономический факультет МГУ. Специализировался по кафедре экономики промышленности у Виталия Исаевича Кошкина (род. 1942).
В 1978 г. окончил университет с красным дипломом и поступил в аспирантуру экономического факультета МГУ.
В 1980 г. под научным руководством Кошкина защитил в МГУ диссертацию «Оценочные показатели в механизме хозяйственного расчёта производственных объединений (предприятий)»; начал работать во Всесоюзном НИИ системных исследований, где в числе прочего занимался изучением опыта реформ в социалистических странах. Работал над рядом статей и аналитических записок в сотрудничестве со своим руководителем С. С. Шаталиным и коллегами по лаборатории П. О. Авеном, В. М. Широниным, О. И. Ананьиным и др.
В 1983 г. со знакомства Гайдара с А. Б. Чубайсом, руководителем неформального кружка экономистов в Ленинградском инженерно-экономическом институте, началось формирование московско-ленинградской школы молодых экономистов, изучавших, обсуждавших и готовивших различные варианты реформ советской экономики. В 1984 г. группа экономистов под началом Шаталина, в которую входил Гайдар, работала над программными документами для Комиссии Политбюро по совершенствованию управления. С 1985 г., когда началась перестройка, Гайдар работал над документами для М. С. Горбачёва.
В 1986 г. перешёл на работу к академику А. И. Анчишкину в Институт экономики и прогнозирования научно-технического прогресса АН СССР (ныне Институт народнохозяйственного прогнозирования РАН). В августе — сентябре того же года при участии Гайдара на спортивной базе Ленинградского финансово-экономического института «Змеиная горка» прошёл первый большой открытый научный семинар будущей команды реформаторов.
В 1987—1990 гг. Гайдар — редактор отдела экономики в журнале «Коммунист» привлекал в качестве авторов многих будущих представителей команды реформ. Участвовал в масштабном семинаре экономистов на турбазе «Лосево» под Ленинградом, в организации клуба «Перестройка».
В 1988—1990 гг. участник рабочих групп по подготовке экономических программ Совета министров СССР; вместе с публицистом и экономистом Отто Лацисом (1934−2005) подготовил записку Горбачёву о дефиците бюджета и нерациональных расходах; принимал участие в семинарах экономистов-реформаторов на Ладоге.
В 1989 г. защитил докторскую диссертацию «Экономическая политика и хозяйственная реформа. Проблемы взаимосвязи». На основе диссертации была издана книга «Экономические реформы и иерархические структуры» (1990), где оценивались причины неэффективности экономики административного типа.
В 1990 г. по приглашению нового главного редактора, секретаря ЦК КПСС И. Т. Фролова, перешёл на работу в газету «Правда» в качестве редактора отдела экономики, члена редколлегии. Участвовал в рабочих группах, готовивших реформаторские документы для руководства страны. В том же году по предложению А. Г. Аганбегяна сформировал Институт экономической политики и стал его директором (1990−2009). В 2010 г. Институту присвоено имя Е. Т. Гайдара.
Во время Августовского путча 1991 г. произошло знакомство Гайдара с Г. Э. Бурбулисом, близким соратником президента РСФСР Б. Н. Ельцина. В сентябре 1991 г. под руководством Гайдара была сформирована рабочая группа с целью подготовки программы радикальных экономических реформ. Работа велась на даче № 15 в посёлке Совета министров РСФСР «Архангельское»; в октябре состоялась первая встреча с Ельциным; 28 октября 1991 г. президент объявил о начале экономических реформ в России. В ноябре Ельцин стал главой правительства, Гайдар — вице-премьером, министром экономики (до февраля 1992) и финансов (до апреля 1992), представители его команды были назначены на различные должности в финансово-экономическом блоке кабинета министров.
В январе 1992 г., в соответствии с планом правительства Ельцина — Гайдара осуществлены либерализация цен и внешней торговли, объявлена свобода торговли, продолжилась «малая» приватизация. В марте Гайдар был назначен первым заместителем председателя правительства. В апреле состоялся серьёзный конфликт с Верховным Советом и VI Съездом народных депутатов. Гайдар и часть команды подали в отставку, которая не была принята президентом. В июне был назначен и. о. председателя правительства. В августе — сентябре после череды компромиссов правительство ужесточило реформаторскую стабилизационную политику; началась массовая ваучерная приватизация. Осенью Гайдар принимал участие в урегулировании осетино-ингушского противостояния и конфликта в Таджикистане. В декабре 1992 г. в результате очередного раунда конфронтации с Верховным Советом состоялась отставка Гайдара и правительства реформ.
В 1993 г. Гайдар в качестве директора Института экономических проблем переходного периода (ранее и впоследствии — Институт экономической политики) продолжал консультировать правительство и президента. В июне возглавил формировавшийся предвыборный блок «Выбор России»; вернулся в сентябре 1993 г. в кабинет министров на пост первого вице-премьера по экономике. 3 октября, во время противостояния президента и Верховного Совета, обратился к москвичам с призывом собраться у Моссовета с целью защитить демократические преобразования; участвовал как лидер блока «Выбор России» в выборах в Государственную думу Российской Федерации в 1993 г., на которых блок занял второе место.
В январе 1994 г. ушёл в отставку с поста первого вице-премьера, стал руководителем самой крупной в Государственной думе парламентской фракции «Выбор России» (1994−1995), в этом качестве продвигал ряд важных реформаторских законов; в июне был избран председателем партии «Демократический выбор России» (1994−2001). В конце 1994 г. с началом боевых действий в Чеченской Республике резко выступил против войны в Чечне. В том же году Гайдар написал книгу «Государство и эволюция» с оценкой возможных путей развития России; опубликована в 1995 г.
Участвовал в урегулировании ситуации в ходе террористического акта в Будённовске в 1995 г. В том же году были предприняты неудачные попытки объединения усилий «Демократического выбора России» и «Яблока» Г. А. Явлинского перед предстоящими выборами в Государственную думу. В декабре 1995 г. предвыборный блок Гайдара не прошёл в неё.
В начале 1996 г. выступил против выдвижения Ельцина в президенты; вёл переговоры о выдвижении кандидатуры на пост главы государства с различными политическими деятелями, включая Б. Е. Немцова. Весной было принято решение о поддержке «Демократическим выбором России» Ельцина. В том же году опубликовал автобиографическую книгу «Дни поражений и побед» (1996).
В 1997 г. участвовал в подготовке программы правительства «младореформаторов» (Немцова и Чубайса в качестве первых вице-премьеров). Подготовил к печати книгу «Аномалии экономического роста» (1997).
В 1998 г. участвовал в консультировании правительства С. В. Кириенко и попытках урегулирования финансового кризиса; в 1998—1999 гг. оппонировал правительству Е. М. Примакова, оценивая его программу как коммунистическую и популистскую.
В 1999 г. посетил с миротворческой миссией Белград во время бомбардировок НАТО, во второй раз встретился с Иоанном Павлом II в Ватикане. Участвовал в формировании коалиции «Правое дело», а затем избирательного блока «Союз правых сил».
Вновь стал депутатом Государственной думы (2000−2003). Занял пост сопредседателя партии «Союз правых сил» (2001−2004). Разрабатывал новые Налоговый и Бюджетный кодексы, другие важнейшие нормативные акты. Гайдар — автор 13%-ной плоской шкалы подоходного налога. В 2003 г. после свержения режима С. Хусейна посетил в качестве экономиста-консультанта Ирак; критиковал арест М. Б. Ходорковского и дело ЮКОСа. В декабре 2003 г. «Союз правых сил» по итогам парламентских выборов не прошёл в Думу.
В 2004 г. Гайдар ушёл в отставку с поста сопредседателя «Союза правых сил»; работал над своей главной книгой — экономической историей мира «Долгое время». В 2005—2006 гг. были опубликованы две самые известные книги Гайдара — «Долгое время» и «Гибель империи» (о причинах распада СССР). Реализовывал неформальную миссию по предотвращению размещения систем противоракетной обороны в Европе.
В ноябре 2006 г. на конференции в Дублине, по мнению самого Гайдара, произошла попытка его отравления, после чего состояние его здоровья резко ухудшилось (Колесников, Минаев, 2021). В 2007—2009 гг. работал над книгами и статьями (в частности, над книгой о революциях «Смуты и институты»), продолжал реализацию неформальных международных миссий и консультировал правительство.
В 2006 г. Гайдар награждён Международной Леонтьевской медалью «за выдающиеся заслуги в проведении сравнительного анализа экономической эволюции».
Скончался 16 декабря 2009 г. в своём доме в деревне Дунино Московской области в возрасте 53 лет от отёка лёгких, вызванного ишемией миокарда.
Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.