Елена Чернышкова — основатель первой в России практики по работе с образовательными и некоммерческими организациями в московском офисе компании Odgers Berndtson («Оджерс Берндтсон») – международного лидера в сфере подбора, оценки и развития руководителей высшего звена, членов коллегиальных органов корпоративного управления и управленческих команд.
С 2015 по 2017 год работала президентом благотворительного фонда «Система» — одного из крупнейших корпоративных фондов в России, основанного АФК «Система». С 2014 по 2015 год работала в должности заместителя директора Проектного офиса Проекта 5–100 Министерства образования и науки Российской Федерации - программы академического превосходства, направленной на повышение конкурентоспособности ведущих российских университетов, где отвечала за содержательное развитие и международную стратегию программы.
Ранее, в качестве директора по стратегическим проектам Московской школы управления «Сколково», Елена отвечала за формирование стратегических альянсов, разработку новых проектов, привлечение пожертвований и развитие отношений с донорами и партнерами Школы. За время работы Елена привлекла финансирование для новых проектов в размере 11 млн долларов.
С 2001 по 2009 гг. была советником Почетного Президента и основателя компании «ВымпелКом» Д.Б. Зимина, руководила семейным офисом Зиминых, а также была соавтором и руководителем Благотворительного фонда Дмитрия Зимина «Династия» – одного из первых в России семейных благотворительных фондов, поддерживающих науку и образование. Активно участвует в работе общественных организаций и проектов, выступает на российских и международных экспертных мероприятиях по вопросам развития образования, науки и благотворительности.